Ban Quản lý Khu kinh tế tỉnh Cà Mau được thành lập theo Quyết định số 1010/QĐ-TTg ngày 29 tháng 6 năm 2011 của Thủ tướng Chính phủ trên cơ sở tổ chức lại Ban Quản lý các khu công nghiệp tỉnh Cà Mau.