Ngày 31/12/2009, Thủ tướng Chính phủ đã có Quyết định số 2214/QĐ-TTg về việc thành lập Ban Quản lý Khu Kinh tế tỉnh Kon Tum.

Ban Quản lý Khu Kinh tế tỉnh Kon Tum được thành lập trên cơ sở hợp nhất Ban Quản lý Khu Kinh tế cửa khẩu Quốc tế Bờ Y, tỉnh Kon Tum với Ban Quản lý các khu công nghiệp tỉnh Kon Tum; là cơ quan trực thuộc Ủy ban Nhân dân tỉnh Kon Tum, thực hiện chức năng quản lý nhà nước trực tiếp đối với các khu công nghiệp, khu kinh tế cửa khẩu trên địa bàn tỉnh Kon Tum, quản lý và tổ chức thực hiện chức năng cung ứng dịch vụ hành chính công và dịch vụ hỗ trợ khác liên quan đến hoạt động đầu tư và sản xuất, kinh doanh cho nhà đầu tư trong các khu công nghiệp, khu kinh tế cửa khẩu trên địa bàn. Ban Quản lý Khu Kinh tế tỉnh Kon Tum có tư cách pháp nhân, có tài khoản, thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn theo quy định tại Điều 81 Nghị định số 108/2006/NĐ-CP ngày 22/9/2006 của Chính phủ hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Đầu tư, Điều 37 và 38 Nghị định số 29/2008/NĐ-CP ngày 14/3/2008 của Chính phủ quy định về khu công nghiệp, khu chế xuất và khu kinh tế.

Quyết định được đăng Công báo ngày 14/1/2010, có hiệu lực thi hành kể từ ngày ký ban hành; thay thế Quyết định số 156/2008/QĐ-TTg ngày 1/12/2008 của Chính phủ về Ban Quản lý Khu kinh tế cửa khẩu Bờ Y và Quyết định số 17/2005/QĐ-TTg ngày 15/7/2005 về việc thành lập Ban Quản lý các khu công nghiệp tỉnh Kon Tum.